La codificación empleada en un fichero es extremadamente importante en ciertas situaciones. Se me ocurren dos por ahora: he intentado importar un CSV a LibreOffice Calc y si no llego a dar con la codificación exacta, no hubiera podido tener los datos o al menos no con tildes, eñes, etc.
Otro caso que se me ocurre, tenemos un servidor web que envía contenido web en un charset diferente al que aparece en la etiqueta <meta>, cierto navegador (Internet Explorer) tiene un problema de visualización por esta causa.