Plataforma Andaluza de Bioinformática

Por cuestiones laborales, necesitaba hacer uso de unos recursos de supercomputación para unos temas de bioinformática, los cuales por desgracia no tenía a mano. Sin embargo, me puse en contacto con SCBI de la UMA y de forma gratuita, sólo teniendo que indicar las referencias oportunas en las publicaciones, se puede hacer uso de su potente infraestructura para hacer cálculos masivos relacionados con la bioinformática.

Como me ha parecido muy interesante el servicio les he pedido que hagan una nota para presentaroslo a todos aquí, porque probablemente más de uno de vosotros esté interesado en poder usar una iniciativa como esta. Aquí os la dejo.

Los recursos de investigación disponibles en la actualidad son muy diversos, vamos a hablar hoy de unos de los centros de vanguardia en cuanto a apoyo a la investigación en España, y más concretamente a la investigación bioinformática.

El SCBI (SuperComputación y BioInformática) de la Universidad de Málaga está compuesto por la PAB (Plataforma Andaluza de Bioinformática) y por el Centro de Supercomputación de la Universidad de Málaga.

La Plataforma Andaluza de Bioinformática (PAB) tiene por objetivo principal proporcionar a los investigadores de la comunidad científica la posibilidad de acceder a programas de análisis de datos biológicos “listos para usar”.

Estos programas analíticos facilitan, entre otras cosas, el análisis de secuencias nucleotídicas y aminoacídicas, el análisis de micromatrices, la simulación molecular y su modelización. Además, la PAB pone a disposición de todos los investigadores que lo necesiten herramientas especializadas en proteómica y biología de sistemas.

Los usuarios de la PAB, de dentro y fuera de la UMA, cuentan con :

• Apoyo a los laboratorios de investigación que necesiten utilizar herramientas bioinformáticas.
• Asesoramiento en el flujo de trabajo para datos de secuenciación, desde el preprocesamiento al ensamblaje y la anotación.
• Asesoramiento en la selección de las herramientas más adecuadas para cada necesidad.
• Formación para el uso de herramientas y bases de datos bioinformáticas externas.
• Gestión y mantenimiento de bases de datos y entornos bioinformáticos locales.
• Análisis de imágenes procedentes de distintos tipos de experimentos.
• Desarrollo de herramientas “a medida”.

El Centro de Supercomputación de la Universidad de Málaga tiene como misión fundamental ayudar a la investigación poniendo a disposición de los investigadores herramientas como ordenadores de alto rendimiento, software avanzado y una profunda experiencia interdisciplinar para ayudar a conseguir logros científicos destacables.

Además dentro del SCBI está situado uno de los nodos de la RES (Red Española de Supercomputación).